1958年6月，国务院、中央军委批准建立黄渤海区渔业联合指挥部，由山东、河北、辽宁等省水产局和该海区的主要国营渔业公司，济南军区及青岛、旅顺海军基地参加，中共山东省委书记谭启龙兼任指挥，山东省副省长、军区副参谋长、海军基地领导人以及3个省水产局长与5个国营渔业公司经理任副指挥。 

    东海区渔业指挥部成立于1957年3月，由上海市市长曹狄秋兼任指挥，上海、江苏、浙江、福建省水产厅（局）长，舟山海军基地司令员、南通专区副专员、上海市气象局长、东海区水产研究所负责同志兼任副指挥。

    南海区渔业指挥部成立于1974年4月，由广州军区副司令员兼任指挥。1981年国务院、中央军委鉴于海区渔业指挥部工作重点以组织开发渔业资源和加强资源保护、管理为主的情况，决定军队人员不再兼任指挥部工作。

    1983年9月，经国务院批准，将原由国务院领导的上述黄渤海、东海和南海三个渔业指挥部改为农牧渔业部直属单位。成员由有关省（市、区）水产厅（局）负责人组成。其办事机同时也是农牧渔业部设在海区的渔政分局，为局级单位，代表国家管理各海区渔政工作，人事和党务工作受农业部和地方双重领导。1985年农牧渔业部调整海区渔业指挥部机构和任务。调整后机构定名为”农牧渔业部XX海区渔业指挥部“及”农牧渔业部XX海区渔政分局“1988年因国家机构改革，农牧渔业部改称为农业部，遂改为”农业部XX海区渔业指挥部““农业部XX海区渔政局”，指挥部指挥由海区渔政局局长兼任（尚未任命局的由第一副局长兼任）或由农业部商地方负责同志担任。副指挥由海区内各省、自治区、直辖市水产局（厅）及海区水产研究所负责同志担任。指挥部隶属关系不变。指挥部主要任务，一是安排好渔场和渔汛生产；二是加强外海作业渔船的组织和管理，组织监督检查国外侵渔活动；三是协调调整作业结构和产业结构，控制近海捕捞能力；四是协调、组织实施资源增殖。主要渔汛生产由海区指挥部统一领导。海区指挥部的建立，对组织渔汛生产，维护渔场作业秩序，保护海上渔业生产安全，处理海上纠纷、海上救助和保护、增殖水产资源及维护国家渔业权益起到重要的作用。

1、农业部黄渤海区渔政渔港监督管理局
地址：山东省烟台市环山路73号。
邮码：264001

2、农业部东海区渔政渔港监督管理局
地址：上海市中山北路1650号。
邮码：200063

3、农业部南海区渔政渔港监督管理局
地址：广州市中山一路50号。
邮码：510080