1959年建立南通地区海洋渔业技术指导站，1989年改建为地区水产研究所，1983年地市合并时与市所合并南通市水产科学技术研究所，1990年南通市编委批准建立南通市开发滩涂技术培训中心，与所合署办公。

    全所占面积7776平方米，建筑面积3524平方米，其中科研用房851平方米，生产试验车间及封闭式养殖池552平方米，实验检测分析室126平方米拥有年产量500吨渔用饲料添加剂和动物保健品设备、年产各种型号船用尼龙螺旋桨30吨的浇铸设备，以及饲料常规检测设备，馆存科技图书资料2万余册。

    现有员工23人，其中科技人员19人，高级职称3人，中级职称5人，初级职称11人。内设办公室、养殖室、渔捞渔机室、加工室、化验室和情报资料室。主要从事科技开发、技术咨询、技术转让和技术服务工作，并可接待200人/次的技术培训。

    建所以来，共承担部、省、市级科研项目34项，在完成的24项成果中，获部级奖2项、省级奖3项、市级奖5项。