厦门市水产研究所成立于1956年。曾先后易名为福建省水产研究所厦门分所，厦门市水产科学试验站和厦门市水产研究所等。研究所现设水产养殖、水产病害、水产加工、水产捕捞专业实验室、资料室、水产中试基地、厦门市远东水产技术开发公司。现有职工28人，其中专业技术人员23人，高级职称3人，中级职称8人，硕士学位3人。水产病害专家吴定虎高工科研成绩突出，享受政府特殊津贴。

    主要从事鱼、虾、蟹、贝、藻、鳖、牛蛙等水产苗种培育及养成技术、水产经济动物的病害防治技术、水产品综合加工技术以及近海捕捞技术研究与开发经营。近年来在多种虾类高健康种苗繁育及养成，鱼、虾、鳖等病害及其防治，东风螺、鲍、美国红鱼和据缘青蟹等名优水产动物育苗，大中海产虾类深加工，板鳃鱼类多不饱和脂肪酸微胶囊制作等应用技术研究取得显著成果。先后主持或参与国家、省、市下达的科研项目60多项。1981年以来，获得各类科技成果奖励21项，其中获省部级以上奖励成果9项、市级12项。

    厦门市水产研究所水产中试基地位于厦门市前埔海滨，毗邻厦门市国际会展中心，临近厦门国际机场。占地面积5500平方米，现有室内、外育苗水体2000多立方米，实验室200平方米以及生活设施。

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