渔业环境保护研究室成立于一九八二年，水生珍稀动植物保护研究室成立于一九九六年，一套人马两块牌子。该室亦是农业部渔业环境保护监测中心。

    该室主要从事与渔业环境保护和水生珍稀动植物保护有关的科学研究、全国渔业环境监测网的技术管理、监测数据汇总处理和监测技术规范制定及监测方法研究等。在渔业环保科研、环境监测、水生珍稀动植物保护科研和宣传教育方面具有优势。

    建室以来，取得了多项科研成果，具有明显的社会效益和环境效益，多次获得科技成果奖励。突出的成果有：《淡水鱼类中毒诊断技术》；《全国拆船业的发展对水产业的影响》；《水生珍稀动物保护名录研究》等。