南海水产研究所创建于一九五三年，是面向南海区，为渔业生产持续发展和资源持续利用提供科学技术的综合性科技机构。所本部设在广州市，所内设海洋渔业资源、海水增养殖、海洋渔业环境保护、营养饲料、海洋生物代谢产品利用、海洋捕捞技术、水产品加工等研究室，并设有科技服务公司和科研调查船队，在广东省深圳市和汕尾市设有海水养殖实验基地（站），在海南三亚市设有热带水产研究开发中心。

    该所现有213名专业科技人员，其中：高级科技人员38名，中级96名。在科技工作实践中，获国家和省、部级"有突出贡献的中青年专家"称号共6人，享受政府特殊津贴的有21人。

    该所主要从事海洋渔业及相关学科的应用基础、应用技术和开发研究，现已在南海渔业资源调查、热带和亚热带海水增养殖技术、渔业生态环境质量监控和保护、海水鱼虾人工配合饲料、海水养殖鱼类病害防治、微电子技术应用、深海和远洋渔捞技术等研究领域形成优势。编辑出版的专业学术刊物有《南海水产研究》和《水产文摘》。

    一九七八年以来，取得重要科技成果103项，其中：国家级奖1项，部（省）级奖47项。突出的成果有：《大珠母贝人工育苗与插核育珠技术》获国家科技进步一等奖，《南海北部大陆斜坡海域渔业资源综合调查》、《广东省海岛水域海洋生物和渔业资源》等五项成果获部（省）级科技进步一等奖。